水利工程系现开设水利类专业5个：水利工程、水利水电建筑工程、智慧水利技术、水利水电工程智能管理、治河与航道工程技术。水利工程为国家现代学徒制试点专业，全国水利高等职业院校A等级专业，“3+2”专本贯通分段培养试点专业（衔接山东农业大学水利水电工程本科专业）。水利工程、水利水电建筑工程、水利水电工程智能管理三个专业为全国水利优质专业、全国高职创新发展行动计划骨干专业、山东省品牌专业群和山东省高水平专业群建设专业。
交通类专业3个：道路与桥梁工程技术、高速铁路施工与维护、城市轨道交通工程技术。道路与桥梁工程技术专业是国家现代学徒制试点专业、山东省现代学徒制试点专业、全国优质水利高等职业院校重点建设专业、山东省首批技能型人才培养特色名校重点建设专业、山东省特色专业。
测绘地理信息类专业2个：工程测量技术、摄影测量与遥感技术（无人机摄影测量方向）。工程测量技术专业是山东省产教融合示范性品牌专业；摄影测量与遥感技术专业，是省内最早开设专科层次培养的学校,实行校企合作联合培养模式。
水利工程系师资力量雄厚，现有专兼职教师共128人，其中高级职称占72%，双师型教师占95%。享受国务院政府特殊津贴专家1人，入选水利部5151人才工程部级人选2人、山东省水利厅“3131人才培养工程”国内领先水平水利专家8人，拥有省级专业教学团队4个、水利职业教育教师教学创新团队2个，共取得国家级成果16项，省部级成果65项，市厅级成果53项。
现有国家水利协同创新中心1个，国家级节水灌溉生产性实训基地1个，省级技艺技能传承中心2个。拥有校内综合多功能实训室（场）40余个。
学生在全国职业院校技能大赛、山东省职业院校技能大赛等技能大赛中获得一（特）等奖24项，二等奖41项，三等奖66项。在“互联网+”等创新创业大赛中获得一（特）等奖9项，二等奖15项，三等奖23项。有70余名学生被认定为山东省“齐鲁工匠后备人才”。
水利工程系与中国电建市政建设集团有限公司、中铁十四局集团有限公司、水发集团、广州南方测绘科技有限公司、山东省地质测绘院等多家大型国有企业建立长期稳定产教融合合作关系，实行现代学徒制人才培养模式，不断完善校企合作育人机制，真正实现校企一体化育人。近三年各专业就业率98%以上，专业对口就业率92%以上。
